宋王入京辅政，徐羡之等人暗中来信称禅位的时机已到，请刘裕早日进京
六月八日，刘裕回返建康，徐羡之率文武诸臣到朱雀门外迎接刘裕乘金根车，用天子旌旗，引导礼仪一如天子，在鼓乐声中回返宋王府
到府中，刘裕换上十二旒冠冕，朱丝为缨，着“衮服”，绛色纱袍，绘绣的十二种纹饰，接受群臣朝贺
六月十日，天子司马德文升坐太极殿，与宋王刘裕商议禅让之事
司马德文道：“桓玄之时，天命已改，重为刘公所延，将二十载今日禅让，本所甘心”
刘裕辞让，回返王府
半个时辰后，侍中傅亮捧天子亲笔所书的禅位诏书至，“夫天造草昧，树之司牧……予其逊位别宫，归禅于宋，一依唐虞、汉魏故事”
诏书抄于红纸之上，刘裕看着诏书喜形于色，思绪飘飞，想起往事，当年砍柴种地，还被刁逵绑在树上鞭打，几曾料到自己有一天会登基为帝
六月十一日，司马德文出宫，回返琅琊王府，文武百官叩拜辞别多数人想着前去新皇那里献媚讨好，唯有秘书监徐广痛哭流涕，悲痛万分徐广，故中书侍郎徐邈之弟，徐浩之叔也
谢晦见徐广扫兴，很不高兴地道：“徐公，宋王代晋而立，你如此伤悲，可是有点过分了”
徐广凄然道：“你是宋国佐命功臣，老夫是晋朝遗老，悲欢之事，固不相同”
谢晦被徐广说得哑口无言，心中暗恨不已
六月十四日，于南郊设坛，祭告天地礼毕，刘裕乘法驾前往建康宫，至太极殿升座，接受文武百官朝拜，正式登基为帝，国号为宋，改元熙二年为永初元年
封晋帝司马德文为零陵王，经一郡之赋，依二王三恪之礼，可用天子旌旗，乘五时副车，行晋正朔，天地礼乐制度皆用晋典上书不称表，天子答复不称诏等等
接着刘裕追封其父为孝穆皇帝，生母为穆皇后，尊继母萧文寿为皇太后，立刘义符为太子，皇后则授给亡妻臧爱亲
除太子刘义符外，加封次子刘义真为庐陵王，三子刘义隆为宜都王，四子刘义康为彭城王，五子刘义恭为江夏王，六子刘义宣为南郡王，七子刘义季为衡阳王
加封司空刘道怜为太尉、长沙王；追封故司徒刘道规为临川王，尚书右仆射徐羡之加授镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，领军将军檀道济为护军将军等等，又追赠刘穆之为南康郡公
然后便是对前朝的爵位降等，把始兴公、庐陵公、始安公、长沙公、康乐公降为县公和县侯，这五公分别对应王导、谢安、温峤、陶侃、谢玄，保全他们的祭祀香火，而晋朝所授的爵位尽皆降等
封赏之后，刘裕颁发了一连串的新政，减轻税赋，鼓励农耕，赦免囚犯，宽赦连坐之人，召还逃亡之民等等一系列仁政
摆在刘裕面前