尚书事、扬州刺史等官职不变刘裕知大局已定，这次不再推辞，欣然接受
天子又以雍州军南下相助平叛为由，加杨安玄为侍中、骠骑将军；以后将军刘毅守护建康、督运辎重之功复任卫将军，开府仪同三司，重返历阳任豫州刺史；其他有功将领一并封赏
刘穆之转任太尉府司马，替刘裕在京中招募有才之士，吸纳了大批孟昶的参佐入太尉府，原左光禄大夫殷茂之孙、故司徒王谧女婿殷景仁；故太尉谢安之兄谢据曾孙、骠骑长史谢重之子谢晦等俊才都得到刘裕的重用
刘毅发觉刘穆之对刘裕的帮助极大，在背后替刘裕出谋划策，不少门阀受其拉拢投靠了刘裕，深忌之于是常在刘裕面前提及刘穆之权力过重，将来难以抑制，可是刘裕知其心意，反而更加信任刘穆之
雷池、左里击败变民军后，夏口、浔阳、历阳收复，刘毅回转历阳城，不久上表朝廷，要求督江州军事
刘毅奏称江州处于要冲，与扬州、豫州联为一体，是京师的屏障卢循祸乱之后，江州糜烂，百姓寥落无几，交通不便，如今燕国已平，胡人难以寇江，应将江州州府与军政分开，厉行简易仁爱之政，减轻百姓负担
琅琊王因刘裕权柄太重，巴不得有人分权，以天子名义准奏，命卫将军、豫州刺史刘毅督江州事，移镇豫章，江州刺史庾悦归刘毅统辖
刘毅将镇所迁至豫章，庾悦的好日子便到了头当初刘毅住在京口，尚未入仕，与亲友到东堂射箭，恰逢司徒右长史庾悦要用射场，众人只得避走，唯有刘毅不走，依旧留在东堂射箭
庾悦随行带着厨师，烹饪美味，刘毅见到上前索要烤鹅，被庾悦断然拒绝，刘毅记恨在心，一直想要报复
到任豫章后，刘毅命部将赵恢率一千兵马进驻浔阳，左一道命令右一道公函，让江州三千文武官吏疲于奔命即使如此，刘毅对江州事务吹毛求疵，前往浔阳斥责的公文不绝于道，最后刘毅下令庾悦前来豫章听训
庾悦知道刘裕是公报私仇，既气又惧，到豫章后背上生疽，病逝刘毅顺势上奏朝廷，请加授江州刺史之职，天子准奏
刘裕冷眼看着刘毅兴风作浪，此时的刘毅已经不放在他心上，只待时机成熟，刘裕自信随时可以平灭他
真正被刘裕视为对手的是雍兖刺史杨安玄，杨安玄身为雍兖刺史，梁州刺史杨思平、北青州刺史杨孜敬是他的叔辈，司州刺史鲁宗之曾是其麾下，司州更被杨安玄的亲信架空，亦如同杨安玄的治下一般
刘裕与刘穆之多次对两家实力进行过对比，两人都认为只比杨安玄略胜半筹
最大的优势来自刘裕掌握着朝堂，治下有徐州、北冀州、扬州、广州、交州、荆州等地，至于豫州、江州虽是刘毅治理，其实与司州的情形差不