祖的灵位前往寻阳(1)，改任平固王友的阴友齐随行；十二月二十四日，桓玄将桓温的神主放入太庙之中，代晋的整个步骤宣告完成。
永始二年(元兴三年)在风雨飘摇中到来。正月，桓玄册封正妻刘氏为皇后，诏方镇刺史入京觐见，并下旨让各方镇向朝庭推荐有用之才。
方镇之中雍州是桓玄的最大心患，如今秦国依诺发兵，桓玄不复为忧，接下来便是益、宁两州的毛家兄弟。
桓玄决定先对付益州刺史毛璩，下诏加封毛璩为散骑常侍、左将军，命毛璩入京觐见。同时，桓玄下旨调梁州刺史苻宏进京，以桓希为代之，并暗中下旨调动兵马，准备将毛璩围困在益州境内。
毛璩收到杨安玄的来信，正犹豫不决，看到桓玄召他进京的诏书，知道进京之后性命便操于桓玄手中，而王异驻涪县、郭法守宕渠、周道子镇白帝等举动无不说明桓玄对自己防备甚深。
毛璩勃然大怒，扣押桓玄使者，响应杨
安玄号召，传檄声讨桓玄，派巴东太守柳约之、建平太守罗述和征瞄司马甄季之先下手为强，趁桓希尚未到任之季，先行击败王异、郭法等人，占据梓潼郡，封闭了蜀道，进驻白帝城。
建康，桓玄在朝政上并无新意，诏令纷纭，百官奉答不暇。桓玄性情苛刻琐碎，对小节吹毛求疵，因尚书奏疏中误将「春蒐」写成「春菟」而将经手之人尽皆降黜，以显示他的高明。
桓玄喜欢游玩打猎，一天之内多次出入宫城；嫌皇宫陈旧，迁至东宫暂住，下旨重新修缮宫殿，因身肥体胖，命工匠建容纳三十人乘坐的大乘舆。
建康城内，怨声四起，上至朝庭官员下至市井小民，无不期盼变天。
正月间，有童谣传出，「长干巷，巷长干，去年杀郎君，后年斩诸桓」，又有「斩桓者奴」的谶文在民间暗中流传。
桓玄深恶，下令搜拿传谣之人，仍禁之不绝。
长干巷的童谣是不满桓玄的士族散播的，而斩桓者奴的谶文则是杨安玄让丁全派暗使在建康城中暗中张贴。刘裕，小名寄奴也。
之所以没有点名道姓，一是谶文具有神秘性，说得太明反而没人相信；二来这样做桓玄故然会对刘裕生出疑心，但却不会因此杀死刘裕。
杨安玄记得史书上记载刘皇后见到刘裕后，说刘裕龙行虎步、双目有神，不能久居人下，劝说桓玄早除刘裕。可是桓玄平定中原需要刘裕出力为由拒绝。
刘皇后劝说尚不能让桓玄下决心杀死刘裕，自己若用力太过，反而有可能促使刘裕投靠桓玄，为其驱使，这样岂不是偷鸡不成蚀把米。
刘裕不知道远在襄阳的杨安玄暗中磨刀霍霍对向他，他正跟随徐兖刺史、安成郡王桓修进京朝觐。
桓修此次进京，随行除了刘裕之外，还有带了兖