旧将哗变，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元等诸将
随着祖大寿被围，孙元化派遣孔有德以八百骑赶赴前线增援，但是登州辽东兵与山东兵素不和
孔有德抵达吴桥时，因遇大雨雪，部队给养不足
军队行到达吴桥时，与山东人屡有摩擦，县人皆闭门罢市
有一士兵强取山东望族王象春家仆一鸡，此士卒被家丁抓住“穿箭游营”
故而李应元命士兵击杀该家仆，事后王象春之子不肯罢休，要求查明真相
李九成又把孙元化给的市马钱花尽，恐遭诘责，于是抢劫哗变
山东望族王家遭到巨创
孔有德受李九成、李应元父子的煽动叛变，在山东境内连陷数城，东江总兵黄龙遭叛兵割去耳鼻，即“吴桥兵变”
孔有德不去支援祖大寿后，倒戈杀回山东半岛，连陷数城，率兵直趋登州
孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，与总兵官张可大发兵抗击，两路成合击之势
但是张焘与孔有德是老朋友，张焘的兵卒随即投入孔有德行列
大家一起叛变，大口吃酒大口吃肉
唯一忠臣张可大部大败逃回登州
孔有德旧交在登州城内的耿仲明、陈光福，晚上举火开门响应，崇祯五年一月登州失陷
总兵张可大先杀妻妾后自杀，孙元化手下的葡萄牙雇佣兵多数战死，他战败自刎未遂，为叛军所俘
因孙元化当年主动接纳孔有德对他们有恩，在监狱里中的他对叛将们晓以利害，明以大义，孔有德本就是被蛊惑造反的，被说服后请求招安
崇祯也同意孙元化带罪招抚，但巡按王道纯藏匿了朝廷诏书，叛军长时间求招安不得，复乱
孙元化又说服叛军，让他回朝陈明真相，给大家伙一个交代
待到孔有德放孙元化返京之际，王道纯袭击叛军，乱事扩大
兵变发生后，朝中多言孙元化已反
但是更多的弹劾却多指向了首辅周延儒，而这一切都是次辅温体仁在背后推动的
因为首辅这个位置，他也想坐！
温体仁暗中指使太监王坤弹劾自己，然后牵连周延儒，逼迫他辞职
至于登州兵乱不能及时解决，那又如何？
一切都得为他温体仁当上首辅铺路
孙元化回到京师，被政敌陷害，送往镇抚司衙门，遭受重刑，登州叛乱之事是他主使证据确凿，被判死刑
周延儒想要免去孙元化的死罪，求救于徐光启，一同上书，但崇祯看着证据确凿的供词，不允，批红孙元化待到今年秋后于北京城西市问斩
崇祯又急忙派人去巡抚登莱，防备叛军孔有德西进，又有人上书招抚孔有德
朝廷举棋不定，几乎放任山东糜烂的局面，与朝中此种内斗不无联系
崇祯与朝臣的冲突，完全是因为他要扩大太监的权力，尽管他采取了非常强硬的手段，护着太监不容朝