石是一批无价之宝，当时集中珍藏在帝京协和医院的保险箱里，由著名的美籍人类学家魏敦瑞负责保管并研究
1941年初，日美关系趋于紧张魏敦瑞提出，珍贵的帝京猿人化石继续留在日军统治下的北平很不安全，建议将化石暂时转运至美国纽约自然历史博物馆保存，待战后再运至中国经多次交涉，中美双方就此事达成协议aixt8★cc11月中旬，美国驻华大使馆自重庆来电，指令美国驻帝京公使馆负责转运事宜
11月20日，帝京协和医院奉命将帝京猿人化石秘密装箱装箱的化石有：头盖骨5枚，头骨碎片15枚，下颌骨14枚，锁骨、大腿骨、上臂骨、牙齿等147枚全部化石分装在两只大木箱内，由美国公使馆运送至美国海军陆战队总部，指令美军上校阿舒尔斯特负责押运
阿舒尔斯特上校命令士兵将两只木箱改装到美军专用标准化箱里，等待装船按照原定计划，12月11日有一艘“哈里逊总统”号轮船将由上海抵达秦皇岛，然后由秦皇岛驶往美国美国海军陆战队军医福莱受上校之命，将标准化箱连他个人的行李共24箱由帝京押运至秦皇岛霍尔坎伯美军兵营，福莱将要护送这批化石安全抵达美国
意想不到的事情发生了aixt8★cc12月7日，珍珠港事件爆发秦皇岛霍尔坎伯兵营被日军占领，美国海军陆战队队员全部成为俘虏不久，这批俘虏被押送至天津战俘营过了十来天，美军战俘的行李由秦皇岛转运至天津，福莱医生的行李大部分还在，其中包括装有帝京猿人化石的美军专用标准化箱
福莱医生将他的剩余行李，包括标准化箱在天津就地疏散了：一部分存放在瑞士商人在天津建造的仓库里，一部分存放在法租界巴斯德研究所，一部分存放在中国友人家里疏散前，福莱医生没有打开过标准化箱子
战争结束以后，装有帝京猿人化石的标准化箱子下落不明中国的无价之宝经美国海军陆战队之手，由帝京至秦皇岛，由秦皇岛至天津，最后在天津失踪
帝京猿人化石到哪里去了？一种说法是，标准化箱在秦皇岛被装上了“哈里逊总统”号轮船，但该船不幸在赴美途中沉没帝京猿人化石沉入了海底有人说，轮船没有沉没，而是中途为日军所截获，化石落入日军之手，后来下落不明
另一种说法是，帝京猿人化石根本就未出北平城，它被埋在美国驻京公使馆的后院里一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说，珍珠港事件爆发前夕，他看到有两人将一箱东西偷偷地埋在院子里，他估计有可能是帝京猿人化石
听了这些，杨波微微皱眉，他看向曹元德，“这就是全部了？你既然想要让我找到