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在埃及行省建立后不久，马穆鲁克便发动了反对奥斯曼帝国统治的战争，试图复辟马穆鲁克王朝bq19⊙ cc驻扎埃及的奥斯曼帝国新军虽然轻易地就粉碎了叛乱bq19⊙ cc但是，这也让奥斯曼帝国的统治者塞拉姆一世意识到，要稳固奥斯曼帝国在埃及的统治，就不得不倚靠马穆鲁克的势力bq19⊙ cc
奥斯曼帝国不得不停止对埃及行省的奥斯曼化，恢复并保留了其统治架构，并转而扶植马穆鲁克贵族阶层bq19⊙ cc因此，对马穆鲁克贵族阶层来说，马穆鲁克王朝虽然灭亡，但是本阶层的利益却得到了保障bq19⊙ cc
然而，随着奥斯曼帝国对马穆鲁克的扶植，马穆鲁克的势力日益膨胀，与奥斯曼帝国驻埃及总督的矛盾日益尖锐bq19⊙ cc首先是马穆鲁克军事实力的增强，在马穆鲁克王朝灭亡之时，其军队受到重创bq19⊙ cc在加入埃及行省的统治阶层之后，便继续在克里米亚、中亚等地购入奴隶，来扩充军队，马穆鲁克的军队从此恢复实力，成为足可以与奥斯曼帝国新军一争高下的劲旅bq19⊙ cc
更为重要的是，埃及境内的税收大权被马穆鲁克所垄断bq19⊙ cc在包税制下，马穆鲁克只要每年向奥斯曼帝国缴纳一定数额的赋税，就可以垄断埃及境内的所有税收，任意向农民、商人征收地租和税费bq19⊙ cc久而久之，马穆鲁克掌握了埃及境内的财政大权bq19⊙ cc
到了这个时期，马穆鲁克的实力已经强大到可以挑战埃及总督的权威bq19⊙ cc此时，奥斯曼在欧洲的扩张也被遏制，帝国的统治者不得不将主要精力用于防御来自哈布斯堡王朝、德意志及波兰等国的进攻bq19⊙ cc对于埃及这个富饶的行省，它更关心的是维持秩序、确保税收体制的稳定和兵源的输入，而不是调整埃及总督和马穆鲁克之间的权力斗争，在埃及变幻莫测的政治环境中，总督们只能独自应对bq19⊙ cc
在此形势之下，马穆鲁克逐渐取得了对埃及总督的优势地位，发展到最后甚至可以罢黜伊斯坦布尔派驻的总督bq19⊙ cc因此，奥斯曼帝国对埃及行省实行的是羁糜统治，它实际上处于自治的状态，而马穆鲁克又在自治的体制下占有极大的政治优势bq19⊙ cc
作为本地土豪的马穆鲁克人在获得极大的自治权利后，也没忘记自己的老手艺，那就是内斗，以前是争夺的王位，现在却是彼此争夺土地和人口bq19⊙ cc所以，从17世纪开始，埃及及地方的兵变和叛乱就变成了此地特色表演项目，奥斯曼帝国派来的总督来了又