课程才分开。
北朝太学的主要课程是经学，不像南朝玄学佛学都有。东汉到北魏立国，经书仍主要是以七经为主，包括《论语》、《孝经》、《诗经》、《尚书》、《礼记》、《周易》和《春秋》。其中《论语》和《孝经》是太学前主要学习和入太学主要考试的课程，进太学以后五经为课程基础。
南朝也很重视太学，而且思维很开放，不拘泥儒家单一思想，玄、佛、道都接纳。南齐武帝永明三年，王俭以宰相兼国子祭酒的身份，每十天到国子学一次，“监试诸生”，使衣冠翕然，并尚经学，儒教大兴。梁国，五经学馆的博士们皆精通儒学。贺瑒精通《礼记》，馆中生徒常百数，弟子明经对策至数十人；沈峻博通《五经》，尤善三礼，讲授时听者常数百人。
北朝道武帝建国伊始，则以经术为先，置《五经》博士，到天兴二年（399年）《五经》群书又各置博士，分科学习。每经的学习除传统内容外，引入了经注的内容，现在比较盛行的经注有王弼的《周易注》、何晏的《论语集解》、杜预的《左传集解》、杜预、服虔的《春秋注》、何休的《公羊注》、麋信的《谷梁注》、郑玄的《孝经注》等。这些经注不受传统思想束缚，将经学推到另一个高峰，无论北朝南朝都欣然接受。
除了五经大班之外，甲班的君子班另外学习琴棋书画，又称“四君子学”。其中一科为必修，其他三科为选修。此外围棋对乙班开放，即乙班学生也可以选学。乙班即术数班另外学习一些内容，主要是术数、兵法和技击。术数教授《九章》、《七曜》、以及前算生博士殷绍的《四序堪舆》等。兵法和技击都是武官将来用的。太学规定，乙班的课程对甲班全开放。
小班课程教课的博士，有经学博士兼课，也有单独的。如太学博士柳谐先生，既善于讲《毛诗》又善于鼓琴。他在琴艺上功力突出，曲调与手法皆有独创，弟子翕然从学。新晋升的博士魏收，善讲《春秋》，长于辩论，还是个围棋高手，兼讲围棋。
时下文人墨客，附庸风雅，喜欢技击比赛和对弈比赛，所以太学也设了这两科作为辅助，并参加官府定期组织的相应比赛。技击兵法优异的虎贲羽林军队会选取做下级军官或文职。
太学里每个经学内容由一至二个博士教授，每个博士占据一个学馆，每个学馆再配置两个助教，这样每个学馆都有了对应的名字，如魏博士馆、常（漺）博士馆等，学生依据每学期报名上课内容，经常穿梭于各个教馆之间，师从于不同的老师。
太学满学制为年，每二年一次考试：学满两年，试通二经补文学掌故；文学掌故满二年，试通三经，推其高第为太子舍人。太子