匪患同样严重。自古以来，中国的匪患从来就没有消失过，哪怕是像汉唐这样伟大的时代也不例外。国家强盛的时候还好，老百姓生活水平不错，落草为寇的自然就少，但到了王朝末年，国力江河日下，民生凋零，为求活命铤而走险者数以百万计。清朝的匪患可以说是历朝历代最为严重的，谁叫那位十全老人明知道粮食产量的增长根本就跑不赢人口增长的速度还鼓励老百姓拼命生，让四亿中国人始终处于半饥饿状态？乾隆时期算得上是盛世了，然而亿万老百姓还是只能混个半饱，到了清朝末年就可想而知了，天灾频频发生，税收一天比一天重，越来越多的老百姓活不下去了，只能落草为寇。李思明在继承大清的政治遗产的同时，也继承了那数以百万计的土匪。如果消灭这数百万土匪就成了个大问题。
李思明拿出的办法依旧是先等政权稳固了再动手。不过他也不是干等，他下令在冀东、山东、江苏、安徽、江西、浙江等地推行大赦，所有土匪在大赦生效之后可以下山向当地政府报到，重新登记个人身份信息，然后打散编入各农场去。如果当地实在没有那么多土地可以容纳，就安置到东北来。大赦的有效期为两年，两年内下山向当地政府缴械的，既往不究，逾期的就对不起了，严惩！
鉴于他在民间那良好的信誉和越来越高的个人声望，大赦令推行后，黑衣军辖区内大量土匪纷纷下山向当地政府缴械，接受政府的安置，整个过程顺利得不可思议。其实很多土匪压根就不是真正的土匪，而是被逼得逃入山区结个山寨或者占个山洞，以逃避官府的剥削的流民，这些流民主要的生活来源还是在打猎和开荒种地，专职打家劫舍的并不多。李思明在苏北拓荒的时候就从大别山山区吸收了大量流民棚户，那些前来投奔他的流民棚户都过上了好日子，有他们现身说法，有着同样经历的流民自然乐意下山。如果在山外就能过得好好的，谁乐意呆在这山喀啦与毒蛇老鼠为伴啊？住在宽敞明亮的房子里，天亮了下田干活，太阳下山了扛着锄头哼着歌回来吃晚饭，然后搂着婆娘哄着娃安然入睡不好吗？
只是一道大赦令就让黑衣军辖区内的土匪呈指数级减少，连带北洋军辖区内都有许多土匪主动下山去向当地政府缴械，要求从良。
北洋军举双手赞成。
大赦效果显著，但肯定没有办法解决所有土匪的，总有一些不怕死的家伙不见棺材不掉泪。对付这种货色，李思明的办法就是组建民兵部队，一个乡就是一个民兵连，一个镇就是一个民兵营，并且实行连座制度，一旦土匪来袭，民兵作战不力的就将军官问责，军官指挥不力导致出现重大生命财产损失的就全