马一律使用淮军建制的“镇”加以改编。
新编六镇中的四镇为西路军精锐人马改编而来，以高一功为第九镇帅、以蔺养成为第十镇帅、以辛思忠为第十一镇帅、以赵忠义为第十二镇帅。
余下两镇以贺珍部同马科部为主改编，以贺珍为第十三镇帅，以马科为第十四镇帅。
除第十二镇帅赵忠义出身淮军，其余都是顺军出身，包括贺珍、马科。
留守西安诸将则暂不改军制，沿袭前明旧称，实有兵马5000以上为总兵，5000以下为副将。
其余与会陕西群雄各部以现实控地域分别授都司、游击、守备等职。再行“五抽一”法，即各部义军单独组成“杀奴军”，五人出一人，自备甲衣兵器于七月底前往前西安接受李过统一整编，后由大顺方面提供粮草东进，计“杀奴军”实可得兵12000人左右。
群雄会商之时，共举孙守法为杀奴军总兵，白天爵、何可亮为副将。神木副将王永强部独编一旅，配合延安总兵李元胤攻掠山西。
因东征由监国亲自统兵，故不设征东将军，各镇及杀奴军悉从监国调遣。
顾君恩进言，称当年李自成之所以兵败，除了战略失误外，也与顺军当时各统军大将兵力分散，相互权属不明有极大关系。比如同为侯爷，有的兵马两三万，有的则万儿八千人，遇敌之时，往往一侯难令另一侯，结果导致用兵无法集中，被清军各个击破。
顾的这个进言让陆四想到了太平天国，千王林立，一王难号一王的故事，遂采纳顾君恩的建议，于镇之上再设军制，军之统领称提督，一军辖三镇。
以第九、第十两镇编为第一军，以第十一、第十二两镇编为第二军，以第十三、第十四两镇编为第三军。
第一军提督以高一功兼任，第二军提督以刘体纯担任，第三军提督以贺珍兼任。
之所以没有让自己的嫡系赵忠义出任第二军提督，而是让刘体纯出任，还是出于赵的资历过浅，且第二军是以西路军将士整编组成的原因。
各部整编都很迅速，因为基本都是以原先建制为主，只是去除老弱，抽选精兵组建新的军镇旅而矣。
粮草方面也很充足。
当年李自成决心在西安同清军打一场旷日持久的战争，因此下令抽空了西北数省存粮，于西安城中囤了几百万石军粮，导致一些地方的百姓都无粮可食。
田见秀心软，舍不得一把火烧掉这些从西北百姓口中硬夺过来的粮食，没想却便宜了清军，成了压死大顺覆亡的最后一根稻草。
好在，如今这些粮食终是派在了该用的地方。
张献忠那边传来消息，这位八大王最终选择第二个方案。
代表西军在汉中同顺军就出川及相关事务具体谈判的孙可望对义父的这个选择颇是失望，因为第二