些被抓到的大西官吏，或在署衙被当场杀死，或被架到火上烤死，或投入水中溺死，或被抽筋剥皮，活活疼死。明军同士绅对待被俘的大西军将士极其残忍，多地发生活埋大西伤兵的事情。
随着张献忠亲自带御营主力离开成都，形势对大西军越发不利。
而大西军内部对出川抗清也有不满者，骁骑营都督刘进忠部下多是四川籍士兵，这些四川兵害怕北上抗清失败，所以有两千多人哗变叛乱。孙可望率军至保宁后准备就此事处置刘进忠，结果刘进忠害怕被孙可望严厉惩罚，索性率所部七千余人南奔投降重庆的明将曾英，不久又率部同土匪摇黄十三家中的袁韬合营，自称新天王。
明军攻击同士绅地主的袭击以及驻守地区的不断丧失，让大西军筹措北上抗清粮草也变得十分困难。
左丞相汪兆麟劝张献忠暂缓出川，等粮草筹集够了再出川不迟。右丞相严锡命则是劝说张献忠在成都附近留一支兵马，确保西京不失。要不然若大军入陕，包括西京在内的地盘恐怕都要被明军重新夺回。
张献忠却是一意孤行，对两个丞相的劝说大为恼火，气道：“从前咱率儿郎们打仗，哪里为粮草发过愁，都是到一地筹一地，到一地食一地，这要是没有粮草就不能打张，你万岁我早死千回百回了！”
严锡命赶紧解释，说如今不同从前，从前大西将士是以走制敌，长于机动，以此拖垮追击和围堵的明军，根本不需要考虑后勤。但现在大西已在川中立国，北上抗清更是师出有名，为国家为民族的大事，当然不能如同从前一样随地取粮。
“此次北上大军所经之处，都是万岁的土地，百姓也皆万岁的子民，真如从前那般，万岁心中又怎舍得？”
严锡命苦苦劝说。
张献忠听后也知严锡命说的对，他如今是大西皇帝，可不能再像从前一样胡乱抢掠了。
但要不能就地取粮，就须尽快出川入陕，要不然大军多耽搁一日，这吃食就叫人多头疼一分。
于是便下令义子同诸将加快进军速度，全军火速赶往保宁。又命先行保宁的义子孙可望想办法多筹一些粮草供大军食用。
张献忠是六月中旬到的保宁，先是听取孙可望关于汉中方面动静的汇报。
孙可望说探子侦得原驻保宁的马科率残部退到了汉中，但却没有同汉中守将贺珍等人一样降清。
“马科现在宁羌州，儿臣以为此人原是明将，既未同贺珍等人一样向鞑子投降，不如遣人招降于他，授于重任，为我所用。”
张献忠诸义子中孙可望不仅是长子老大，其人也多智善断，很有统帅的才能。
从马科在宁羌一带不动，孙可望便判断这位前明旧将八成不甘心降清做汉奸，因此可以招降。
“你代老子我给马科写信，