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其实在此之前，栾奕已经将三省六部制度引用到了圣母教管理的方方面面，他设置的中书主教、尚书主教、中书主教、百工主教、人事主教、安**教、公义主教、惩戒主教、天礼主教——十二大红衣主教其实就是三省六部的变形。所以朝中官吏对于三省六部制度并不陌生，也亲眼见证到教会神官制度的优越性。
所以，当栾奕提出官制改革时，并没有遇到多大阻碍，唯一的难点就是官职变更之后，朝中官员的对号入座问题。此外，他想打造的新朝堂应趋向于年轻化，部分朝堂阁老的安置也是个不小的问题。
如果强行令那些老臣告老还乡，眼下天下初定，难免有点卸磨杀驴的意思。可是不遣散他们，他们思维跟不上眼下的形式，却又占着崇高的位子。
这让栾奕一度很是头疼。
在栾奕面临抉择两难的时候，他的忘年交——老太尉卢植站了出来，上书表示自己年事已高，请求告老还乡。
栾奕知道卢植虽然已经年近，但身体硬朗尚可料理朝政。之所以辞官是要给朝中其他老臣做个表率。
对此，栾奕很是感激，同意了卢植辞官的要求。不过，他虽然允许卢植辞任太尉之职，却转而将其封为帝国军师大学堂祭酒，让其继续留在培养帝国军事人才的第一线。
卢植本想推辞，却挨不住栾奕热切恳求，只得领命。
卢植致仕等于是开了个好头，朝内的老臣都是久经官场之人，自打栾奕提出改革官制便猜出自己挡了朝廷改制的路，与其赖在位子上不走自取其辱，不如急流勇退，留个好名声。随即纷纷告老还乡。
栾奕无一不允，给老臣们足额遣散费，授以勋爵，并允诺未来帝国大学堂优先录取他们的子嗣。
至于那些揣着明白装糊涂，抓住权利不肯撒手的小部分旧臣则享受不到这种待遇，他们要么被栾奕强令遣回家乡，要么被调离权利中心，成为权利边缘的存在。
官制改革借此顺利进行，曹操尚书省左仆射，程昱出任右仆射；王允担任门下省左仆射，郭嘉出任右仆射；荀彧出任中书省左仆射，田丰任右仆射。庞德公、毛玠、戏志才、徐庶、荀攸、黄承彦分任吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，沮授、张昭、周瑜、栾福、许攸、蔡琰在各部中担任侍郎。
六部官员在一年之内相继到位，新的朝廷官署在相互适应中渐渐运转起来。
出了官职改革，栾奕还对地方官制体系进行了大范围变动。将兵权从州刺史手中剥离出来，另派将领接受地方军务。地方州刺史及郡、县令只具备行政职权，负责地方民生、生产、税收相应职责，军事将领负责维护地方安全，避免外来侵略者和山匪袭扰。此外，地方教会的主要任务乃是监督官府和军队是否