谕禀事者，曰已得圣旨也。”故曰“三旨相公”——体制在那里，皇帝也没有逾界伸手帮他一把的念头。
而从朱翊钧的角度来看，张居正的薨逝让他明显感觉到朝政运转的涩滞。总理大臣没有一言九鼎的权威，很多事儿在政事堂就开始扯皮。自下而上反映上来的问题，各部门之间也出现了推诿的情况——不是说张居正死了大伙儿没了公心，而是此前中兴郡王的超强统筹能力掩盖了很多本应早就暴露的体制机制问题。
例如本次山西救灾——现如今朝廷负责防灾减灾的职能分散在几个部里面。民政部负责赈灾，建设交通部管着水利建设、这部分职能农工商部也有些，潘季驯这个黄淮水利大臣还管着一部分。
政出多门自然会导致协调时间增加，虽然上面有内阁抓总，但几个副相都够不着各部底下具体负责的司局，全通过尚书协调效率自然低下。
如此一来，张四维干的比张居正还累，这效能还没有张居正高。张居正为相时，副相们和各部尚书唯其马首是瞻，做事唯恐不尽心尽力，以防张江陵叱骂甚或给予政治打击。而如今张四维所做决策，却老担心潘晟等人给他挖坑，必要反复调研斟酌，方敢决断——所谓殚精竭虑，不外如是。
万历五年开始的大变法，将隋朝以来延续数百年的六部制改成了九部，搭起了政事堂的架子，增设枢密院、取消司礼监并设内务府——这个改革主要目的是利用政事堂集中相权，利用枢密院增强皇帝的军权、利用内务府将皇帝的产业进一步规范化。
这半吊子政改在张居正手中运转良好，因为老先生惊才绝艳，指挥起来如臂使指。等张四维接班之后，就发现运转涩滞——他缺乏张居正一言九鼎的权威，虽然尽到了调镬阴阳的职责，但“总理大臣”与“内阁首辅”迥异，张四维还打着抱皇帝大腿的念头，几个月之后朱翊钧也感觉出来不对劲来。
万历十三年的大旱灾，在原时空拉开了万历时期连续大灾的序幕。朱翊钧虽然没有研究过万历时期的气候记录，但“小冰河”三个字却是记得清楚。
从这几个月朝廷在山西赈灾的过程来看，在皇帝着急、总理大臣红了眼珠的情况下——朝廷的救灾体系运转的不好，尤其是旱灾初期，山西上来的消息杂乱、朝廷运粮的手段缺乏，暴露出大量问题。
不仅仅在救灾方面，随着变法对大明社会的改变，朱翊还感觉到中枢很多职能需要进一步加强。张居正当政时，临时差遣某官员专责某事的体例需要改变，有必要增加部门，进一步细化职责，使得中枢对地方的指挥更加的强而有力。
经过数月的深思熟虑，朱翊钧觉得有必要对中枢架构进行进一步调整——将变法八年来所积