革，虽仍设左都御史、右都御史，副左右都御史、佥都御史和十三道但责、权发生了巨大变化
之一，将御史的人员扩编，改每道设一名、两名专责御史之旧规，每道设八到十人专责御史，并设佥都御史正、副各一名御史奏章必经正佥都御史签押方能上报，佥都御史为本道御史的纠核、巡视结果担责
之二，改御史“风闻奏事”之旧规，分锦衣卫之一部为十三个稽查科，每科三十人设于十三道御史之下御史参核，必用锦衣卫稽查科查实证据，方能上报
之三，改御史职责不清之旧规，各道御史均负责本道纠核、巡视事，不得越界若收到其他道的线索或举报，准送左都御史，由其分派至该管的道核实调查
之四，除左、右都御史外，共四名副左右都御史分管十三道，分管内容由左都御史决定御史参奏报告，由副都御史签发才能成为奏章；这些人也要为奏章的正确性、真实性担责
之五、右都御史独领监察道，监察都察院内部各道御史若发现其他道或本道御史有违规行为的，可举报至右都御史右都御史和监察道无权参与都察院其他事务
之六、左都御史掌都察院，除右都御史外，对副都御史以下，有参劾之权副都御使以下若被左都御史参劾，立罢
之七，改御史必由三品以上高官举荐之旧规从进士、待选之官中直选都察院列出《大明律》、《宪纲总例》、《纠官邪规定》、《监官遵守条款》等十余本参考书，待选者通过法律考试，并经都察院副都御使以上集体面试即可担任御史
此次都察院的兴革，现有台谏之官有喜有忧一方面他们掌握了锦衣卫稽查科这一直属力量，在朝廷中地位一举超越各部，权力大增
另一方面御史队伍的扩大和独立参劾权的丧失，降低了御史这一“清流华选”的含金量，断了他们以特殊地位谋私上进之途综合而言，对都察院基层御史来说，锦衣卫的加入并未使他们感到兴奋，反而是独立性的丧失击中了他们软肋
因此，虽然朱翊钧大砍大杀震慑了天下官、民，但以“硬骨头”著称的御史们，还是掀起了朱翊钧主政以来的第一股逆流