共主漠北的外喀尔喀更不承认蒙古大汗为共主，而漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌另一方面，东方的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路因此，林丹汗早年的处境非常艰难即位之初的林丹汗在明朝大臣的奏文中多次被提到最早是在1606年（万历三十四年）十月，兵科都给事中宋一韩《边事大略》奏文中称：“自酉、戌两殒大师，辽尚可言哉？所幸天厌夷种，土蛮（原指图们汗，这里指布延汗）物故，稍稍息肩独凌丹憨新立，众虏煽惑，都会、歹青等阳顺阴逆，安能不相率响应？此辽东之情形也”并称林丹汗为“穷饿之虏”次年七月，兵部尚书萧大亨上疏分析边防形势，称“幼憨嗣立，懦弱未威”uvu4点com1609年辽东巡按熊廷弼也说林丹汗“尚不能统众”
这样的局势只说明了一点，就是林丹汗只能控制察哈尔这一部人马，剩下的蒙古各部基本不听他的号令，并且在即位初期，可能是年轻气盛的缘故，二十岁的林丹汗竟然起兵三万攻打大明，但是被大明边军挫败，后来的几次攻击也都收效甚微，这才让他改变了对明朝的态度，光是战争肯定是不行的，最后他决定采取和解的姿态，放还了俘虏的明朝军民，并且取得对明朝互市的权力，而且通过加强自身的武力竟然还将内喀尔喀给并入了自己的统治范围，此时的林丹汗实力达到了全盛，几乎控制了漠西和漠南蒙古，并且对漠北蒙古形成巨大威慑，将漠北蒙古也基本纳入了听令的范围
可是好景不长，林丹汗的辉煌止步于努尔哈赤的崛起，努尔哈赤一直致力于挖蒙古的墙角，努尔哈赤称汗之后，科尔沁和内喀尔喀便彻底倒向了努尔哈赤一方，并且在满蒙联合的政策下选择跟大金国联姻，林丹汗开始跟努尔哈赤交恶，而在这段期间还发生了林丹汗使节被努尔哈赤斩杀的事情林丹汗于1619年10月派遣康喀尔拜虎携国书出使后金，该国书“词意骄悖”，林丹汗以“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗”自居，蔑称努尔哈赤为“水滨三万女真之主”，警告努尔哈赤不得进犯广宁面对这封国书，后金诸臣怒不可遏，一半人主张斩其来使，一半人主张割下其鼻子或耳朵后放回当时努尔哈赤正以铁岭之战中所俘的“奇货”宰赛为人质，要挟内喀尔喀与自己结盟，因此无暇处理与林丹汗的外交问题与内喀尔喀结盟后，努尔哈赤于翌年正月正式回敬林丹汗，在回信中先大肆数落明灭元后蒙古汗廷的困境，又怂恿林丹汗与自己结盟讨伐明朝林丹汗不予理睬，还扣押了后金使臣硕色乌巴什半年后，努尔哈赤听信内喀尔喀传来的谣言，以为硕色乌巴什被林丹汗所杀，便斩杀